O Instituto Brasileiro de Estudos e Pesquisas Sociais, a fim de cumprir suas finalidades, mantém três núcleos de pesquisa:
NUEVO. Núcleo de Estudos da Violência Organizacional
ALEI. Núcleo de Pesquisa em Organizações, Lei e Sociedade
ORION. Observatório de Redes e Instituições
LIOrg. Núcleo de Pesquisa em Linguagem, Instituições e Organizações
